Rector: M.Sc. Juan Rosa Quintanilla
Vicerrectora Académica: Dra. Evelyn Beatriz Farfán
Vicerrector Administrativo: M.Sc. Roger Arias
Secretario General: Lic. Pedro Rosalío Escobar Castaneda
Defensora de los Derechos Universitarios: Licda. Ana Ruth Avelar
Fiscal :Lic. Carlos Amilcar Serrano Rivera
Secretaria de Comunicaciones: Lcda. Mónica Escalante
Secretario de Relaciones Nacionales e Internacionales:M.Sc. Nestor Hernández
Secretario de Asuntos Académicos:Ing. Carlos Ernersto Vargas Ramos
Secretario de Proyección Social: Omar Antonio Lara Diaz
Secretario de Arte y Cultura:Lic. Iván Ernesto Bonilla Quinteros
Secretario de Investigación:M.Sc. José Miguel Sermeño Chicas
Secretaria de Planificación:Lcda. Juliana Gisela Buendía Canizalez
Auditora Interna: Evelyn Elizabeth López De Cardoza
Jefe de Género: José Danilo Ramírez Martínez
Jefe de la Unidad de Recursos Humanos: : Lic. Benjamín Humberto Pérez Pineda
Jefe de la Unidad de Compras Públicas: Lic. Roberto Antonio Iraheta Ávalos
Director de la Unidad de Seguridad Institucional: Lic. Walter Adonay Brizuela Alvarenga
Jefe de la Unidad de Transporte: Ing. Hanns Norman López Henríquez
Coordinador de Reordenamiento Vehicular: Lic. Juan Antonio Guerrero
Intendente: Lic. Elí Salomón Rosales
Gerente del Fondo Universitario de Protección: Lic. Manuel Sergio Reyes Méndez
Coordinadora de Estudios Socioeconómicos: Lcda. Karen Antonia Arias de Cuchillas
Jefe de la Unidad Financiera Institucional: Lic. Rodolfo Santos Velásquez
Coordinadora del Subsistema de Tesorería: Lcda. Evarista Maricela García Perez
Coordinador del Subsistema de Presupuesto: Lic. Héctor Alexander Corvera Salinas
Coordinador del Subsistema de Contabilidad: Lic. Mario Ernesto Rivera De La Rosa
Jefe de Activo Fijo: Lic. Enrique Alberto Pérez Ramírez
Jefa de Conciliaciones y Depuraciones Bancarias: Lcda. Evelyn Marlene Claros Cruz
Jefa de Archivo Central: Lcda. Alma Margarita Blanco Pérez
Director de la Editorial Universitaria: Lic. Luis Alonso Álvarez Hernández
Director de Imprenta Universitaria Ad Honorem: Lic. Luis Alonso Álvarez Hernández
Directora del Instituto de Estudios Históricos, Antropológicos y Arqueológicos: M.Sc. Ana Silvia Ortiz Gómez
Coordinador Interino de la Secretaría de Postgrado: M.Sc. Marlon Marcelo Cantón Navarrete
Coordinador de la Unidad de Evaluación Institucional: Dr. Hugo Ernesto Figueroa Moran
Coordinador del Consejo de Becas de Posgrado: Dr. David Antonio Hernández Santos
Director de Biblioteca Central: Lic. Héctor Manuel Chacón Argueta
Directora de Librería Universitaria: Lcda. Alma Lisseth Sánchez Duque
Administrador Académico Central: Lcda. Elvia Melani Rivas de Contreras
Jefe de Taller de Imprenta: Lic. Hugo Edgardo Cabrera Alvarado
Oficial de Información: M.Sc. Karla Sofía Zamora Briones
Coordinadora de la Unidad de educación Superior Inclusiva: Lcda. María Rosario Villalta Rivera
Coordinador de la Unidad Ambiental:
Coordinadora de la Unidad de Ingreso Universitario: Ing. Thelma Carolina Rivas de Rosales
Coordinador del Sistema Institucional de Gestión Documental y Archivos: Lic. Ramón Armando Benítez Alberto
Director Ejecutivo del INFORP-UES: Lic. Jorge Geovanny Ramos Avelar
Coordinador de Vida Estudiantil: M.Sc. Jorge Eduardo Cortez Martínez
Directora de Bienestar Universitario: M.Sc. Yesenia Beatriz Martínez de Guzmán
Jefe de Desarrollo Físico: Ing. Mauricio Isaías Velásquez Paz
Administrador General del Complejo Deportivo: Lic. Salvador Antonio Vargas Aquino
Jefe de la Unidad de Mantenimiento de Bienes: Lic. Ricardo Antonio Campos González
Director del Centro de Investigación y Desarrollo en Salud (CENSALUD): Lic. Carlos Alberto Buendía Rivas
Director de Tecnologías de Información: Ing. Julio Damián Morales Ayala
Directora del Programa Jóvenes Talento: Lcda. Jennifer Beatriz Chávez Zamora
Juan Rosa Quintanilla fue nombrado rector de la Universidad de El Salvador por la Asamblea General Universitaria (AGU) para el periodo 2023-2027 luego de ser electo el pasado 13 de octubre de 2023.
Nació en El Tránsito, San Miguel, el 30 de agosto de 1966, es hijo de Margarita Quintanilla , panadera y Carlos Quintanilla, agricultor. Estudió en la Escuela unificada 14 de Abril, y sacó su bachillerato en el Instituto Nacional de Usulután.
Se graduó en febrero de 1991 como Ingeniero Agrónomo de la Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de El Salvador. Realizó sus estudios de posgrado en el Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE), sede Turrialba, Costa Rica, entre 1994 y 1995, cuando se tituló como Maestro en Manejo de los Recursos Naturales con especialidad en Sistemas Agroforestales. Además, tiene estudios de posgrado en Sistemas de Información Geográfica aplicado al Desarrollo Local y en Formación Pedagógica para la Enseñanza de la Educación Agrícola Superior.
Ha realizado trabajos en el campo de la docencia, investigación y proyección social en la Universidad de El Salvador. También ha desempeñado cargos administrativos en diferentes áreas.
Fue electo Decano de dicha facultad de 2011 -2015 y reelecto para el período 2015-2019. Durante esta función, Juan Rosa Quintanilla impulsó proyectos de importancia para la institución y desarrollando una serie de acercamientos a instituciones públicas y privadas a nivel nacional y regional. Convirtió a la facultad en líder de la educación agropecuaria superior.
En 2019, es electo Vicerrector Administrativo de la UES al lado del MSc. Roger Arias como Rector. Desde entonces su objetivo ha sido generar mejoras sustanciales de calidad en lo referente a las gestiones administrativas y financieras, en este periodo ha denotado liderazgo, coherencia y pertinencia institucional, lo cual ha sido denotado por los diferentes sectores que conforman la corporación universitaria.
En marzo de 2023, fue reconocido recientemente como distinguido hijo del municipio de El Tránsito, donde nació, creció y forjó su deseo de superación.