La Universidad de El Salvador posee las siguientes cuatro sedes: el CAMPUS CENTRAL, ubicado en el departamento de San Salvador; el CAMPUS OCCIDENTAL, ubicado en el departamento de Santa Ana; el CAMPUS ORIENTAL, situado en el departamento de San Miguel, y, finalmente, el CAMPUS PARACENTRAL, situado en el departamento de San Vicente.
El Campus Central posee la mayor población estudiantil universitaria de todo el país. En este claustro funcionan nueve facultades. Las sedes regionales funcionan como facultades multidiscplinarias y están estructuradas por departamentos. La Ley Orgánica de la Universidad de El Salvador establece que las Facultades constituyen unidades académicas que agrupan y coordinan áreas afines de desarrollo académico. Establece también que podrán estar integradas por Institutos, Escuelas, Departamentos u otras estructuras que obedezcan a las necesidades propias de las especialidades que se desarrollen bajo su administración. Finalmente, la Ley Orgánica señala que estas estructuras académico-administrativas estarán reguladas en el reglamento general de la Facultad respectiva.