La Universidad de El Salvador fue fundada el 16 de febrero de 1841. La Facultad de Química y Farmacia inicia sus actividades a partir del 19 de noviembre de 1850, nueve años después de la creación de la Universidad. Desde su creación hasta la actualidad, la Facultad ha sufrido una serie de cambios en su estructura orgánica. En 1880 se funda la Facultad de Farmacia y Ciencias Naturales. Luego de una serie de acontecimientos en 1955 se transforma en la Facultad de Ciencias Químicas. En 1961 inaugura su propio edificio en la Ciudad Universitaria. En 1973 posterior a la intervención militar, se reabre la Universidad y se reorganiza la Facultad de Química y Farmacia.
En 1977 el departamento de Química que se encontraba formando parte de la Facultad de Ciencias y Humanidades, pasa a formar parte de la Facultad de Química y Farmacia, impartiéndose entonces las carreras de Licenciatura en Química y Licenciatura en Química y Farmacia. En 1991 con la creación de la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas, el Departamento de Química pasa a formar parte de ella, con lo que la Facultad de Química y Farmacia forma actualmente únicamente profesionales en Licenciatura en Química y Farmacia.

DECANO
Licenciado Salvador Castillo Arévalo

VICEDECANA
Licenciada Miriam Ramos de Aguilar