En el desempeño de la Presidencia del Estado de El Salvador, el médico Eugenio Aguilar (febrero 1846 - febrero 1848) promulgó un decreto en  que se acordaba el establecimiento de una cátedra de Anatomía en el Colegio La Asunción.
Este decreto, de fecha 15 de noviembre de 1847, en su artículo primero, además de establecer dicha cátedra decía que daría principio "por el estudio de la Anatomía, debiéndose abrir el 15 del diciembre entrante". Sin embargo, la docencia se inicio el 2 de febrero de 1849, fecha en que se procedió a organizar en la Universidad del Estado, la Facultad de Medicina y el Protomedicato.
En la actualidad, la Facultad desarrolla la investigación en el campo de educación para la salud y la medicina preventiva. La Facultad de Medicina de la UES cuenta con a) un centro de habilidades y destrezas en salud; b) un centro de investigación docente estudiantil; c) un centro de idiomas; d) un centro de ayuda audiovisual; e) un currículo orientado a la comunidad con enfoque multidisciplinario.
El curriculo innovador de la Escuela, se fundamenta en una Pedagogía científica que busca integrar Docencia, Investigación y Proyección Social, a partir del proceso enseñanza - aprendizaje por problemas de la realidad (objetivos de transformación) extraídos de las prácticas profesionales que presenta nuestra actual división del trabajo.
La estructura Organizativa del curriculo es modular. Cada módulo es autosuficiente para el logro de una o más funciones profesionales, permitiendo alcanzar objetivos educacionales de capacidades, destrezas y actitudes que le permiten desempeñar actividades en forma multidisciplinaria.
La metodología en cada módulo es trabajo grupal (grupo académico) basado en la didáctica crítica y la pedagogía problematizadora pretendiendo que el hecho pedagógico sea activo, dialógico, democrático, crítico y reflexivo, permitiendo una relación directa entre el actor, alumno y comunidad. En este contexto, el papel del tutor es el de facilitar aprendizajes significativos y pautas de conductas que favorezcan la formación de los alumno, y a ellos son los principales constructores de conocimiento a efecto de desarrollar su práctica profesional, que incida en los problemas de salud en forma multi e interdisciplinariamente.
La formación se inicia con una base general (Tronco Común) en la cual el proceso Salud Enfermedad desde su causalidad estructural con un enfoque socionatrual; para ello se desarrolla cuatro módulos en término de un año seis meses de duración.
Posteriormente cada carrera desarrolla módulos específicos a fin de concretizar el perfil específico.

DECANA
Doctora Fátima Trinidad Valle de Zúniga

VICEDECANA
Licenciado Julio Eduardo Barahona Jovel